Ritual del retorno de la luz de la luna
Rescata a un 
Cleffa perdido del Equipo Rocket en Mt. Moon.
Necesitas: visitar Mt. Moon Square de noche
Recompensa: 
Fragmento Cometa y el profesor de movimientos de Mt. Moon
Misiones secundarias de Kanto
Kanto mezcla misiones cortas durante la historia con parte del contenido posterior a la historia más difícil de PBO: 
Yveltal, 
Regidrago, 
Mewtwo y varios desafíos de combate semanales y diarios. Las guías de abajo dan las soluciones completas, así que contienen spoilers.
Orden recomendado
Sección titulada «Orden recomendado»- Empieza durante la historia. Haz el Ritual del retorno de la luz de la luna, en Mt. Moon, y la parte 1 de El escondite zumbón, en el Viridian Forest.
- Conviértete en Campeón de Kanto. Así se abren el escondite diario, el combate contra el Campeón Ash y Mewtwo contraataca.
- Haz Mewtwo contraataca antes que Project T.E.R.A. El Mewtwo que capturas en la Cerulean Cave cuenta como capturado por ti, así que puede convertirse en Mewtwo acorazado.
- Haz Sage Eron y los Regis antes que Ecos de lo desconocido. Los investigadores de Fennel Valley solo aparecen después de la primera parte de la misión de Eron, en Hoenn, y los Regis sueltan las Tablas Pétrea, Hielo y Acero que entregas.
Misiones
Sección titulada «Misiones»El escondite zumbón
Salva al hermano de 
Emma y después juega cada día al escondite en el Viridian Forest.
Necesitas: ser Campeón de Kanto para la parte diaria
Recompensa: 
Tabla Bicho; recompensas diarias y la posibilidad de conseguir 
Beedrillita
Ash y la Lucarita
Vence a 
Ash cinco veces y después como Campeón semanal.
Necesitas: ser Campeón de Kanto para el combate de Campeón
Recompensa: 
Pikachu, dos iniciales, 
Bola Luminosa, 
Gafas Especiales y la posibilidad de conseguir 
Lucarita
Alas del viento
Enséñale a 
Gale un 
Pidgeot variocolor y después derrótalo en su casa de la Route 16.
Necesitas: un Pidgeot variocolor de nivel 100 capturado por ti, con naturaleza Miedosa o Modesta; Corte
Recompensa: 
Pidgeotita
Ecos de lo desconocido
Abre el laberinto de los 
Unown bajo Fennel Valley y despierta a Regidrago.
Necesitas: 8 medallas de Kanto, la misión de Sage Eron, 30 tablas y haber visto todos los Unown
Recompensa: combates diarios contra Regidrago y 
Núcleo de Dragón
Shadows of Destruction
Derrota al Calamity Covenant para conseguir el Dark Orb.
Necesitas: contenido posterior a la historia (equipos de niveles 90–100)
Recompensa: 19,000 F y Yveltal itinerante una vez al mes
Repetibles
Sección titulada «Repetibles»Project T.E.R.A.
Echa al Equipo Rocket de Silph Co. para 
Dr. Cipher.
Reinicio: cada 3 días
Recompensa: 10,000 F, 
Moneda Blazex10 y piezas del Mewtwo acorazado
Los Fighting Dojos
Fragmentos de Poder Oculto en Saffron; una serie de combates solo de tipo Lucha en Fuchsia.
Reinicio: semanal
Recompensa: Fragmentos de Poder Oculto; dinero, objetos y la posibilidad de conseguir a 
Kubfu
Misiones pequeñas y listas
Sección titulada «Misiones pequeñas y listas»| Página | Qué cubre |
|---|---|
| Las estatuas de la Pokémon Mansion | El orden de las estatuas que abre el camino a la  Secret Key de Cinnabar |
| Mewtwo contraataca | Giovanni y Mewtwo en la Cerulean Cave; Mewtwo itinerante |
| Objetos en el suelo de Kanto | Todas las Poké Balls con objeto de Kanto, mapa por mapa |
Otras regiones
Sección titulada «Otras regiones»¿Buscas la historia principal? Consulta la guía de la historia de Kanto.