Detonados
A história do PBO passa por quatro regiões, uma depois da outra. Cada detonado segue as missões da História principal daquela região no Rastreador de Missões, com todos os Líderes de Ginásio, rivais e equipes de vilões, as HMs e os quebra-cabeças dos ginásios. Contém spoilers.
As quatro regiões em ordem
Seção intitulada “As quatro regiões em ordem”| Ordem | Região | Onde começa | Quando você pode ir |
|---|---|---|---|
| 1 | Sinnoh | Twinleaf Town | Desde o início |
| 2 | Jvaloh, a região própria do PBO | Route 219, ao sul de Sandgem Town | Depois da história de Sinnoh, quando o  Buck, em Stark Mountain, tiver a Pedra Magma de volta |
| 3 | Hoenn | Littleroot Town, de navio a partir de Snowpoint City | Depois que a história de Jvaloh termina na Dragon Tower |
| 4 | Kanto | Pallet Town, de navio a partir de Lilycove City | Depois que você se torna Campeão de Hoenn e termina as missões de Skies Beyond Hoenn |
Viajar entre regiões
Seção intitulada “Viajar entre regiões”Depois que uma região está liberada, você pode ir e voltar sem refazer a viagem. Os teletransportadores de cada região só cobrem aquela região, mas três lugares têm um 
teletransportador que atende todas as regiões: Spring Valley (Sinnoh), o Crew Wars Lobby e o Champion’s Hall Tournament Room.
| Onde você está | Como chegar a um teletransportador entre regiões |
|---|---|
| Sinnoh | Qualquer teletransportador vai para Spring Valley. O de Hearthome City também vai para o Crew Wars Lobby depois que você tem 3 insígnias de Sinnoh. |
| Hoenn ou Kanto | Todo teletransportador lista Spring Valley e o Crew Wars Lobby. |
| Jvaloh | Os teletransportadores de Jvaloh ficam em Jvaloh. Depois que você tem uma insígnia de Jvaloh, o  Tournament Assistant de qualquer Centro Pokémon de Jvaloh manda você de graça para o Champion’s Hall Tournament Room. Antes disso, volte pelo caminho por onde veio: de New Dawn Town, volte surfando pela Route 219 até Sandgem Town. |
Num teletransportador entre regiões, uma cidade de outra região aparece na lista depois que você tem as insígnias que essa cidade exige na própria região. Você precisa de pelo menos 1 insígnia em Jvaloh, Hoenn ou Kanto para que qualquer cidade dessa região apareça.
Os navios também continuam funcionando:
- Hoenn:
Sailor Bucky, no cais de Snowpoint City, navega até Crosswave Isle, onde o caminhão do 
Driver Rusty leva você até Littleroot Town. O Driver Rusty, em Littleroot, leva você de volta a Crosswave Isle, e o Bucky leva você de navio até Snowpoint. - Kanto: Sailor Marcus, no porto de Lilycove City, navega até Pallet Town, e faz a viagem de volta a partir de Pallet Town.
Sua equipe antiga numa região nova
Seção intitulada “Sua equipe antiga numa região nova”Os Pokémon que você capturou numa região anterior não mantêm toda a força numa região nova até você derrotar a Elite dos Quatro dessa região:
| Em | Pokémon de regiões anteriores batalham no |
|---|---|
| Jvaloh e Hoenn | Máximo nível 5, mais 5 para cada insígnia que você tem na região em que está (veja limites de nível por número de insígnias) |
| Kanto | Nível 1 |
Os Pokémon capturados na região em que você está jogando nunca são limitados, então capture uma equipe nova pelo caminho. Pokémon de uma região posterior não são limitados quando você volta para uma região anterior.